يقوم قطاع عمليات الشحن بالتحقيق في حالات عدم الالتزام التي تكتشفها إدارة المراكز الجمركية، بالإضافة إلى تقديم الدعم الفني الميداني بالأجهزة والمعدات اللازمة لإجراء الكشف الميداني على البضائع، ودعم عمليات التفتيش من خلال تقديم الاستشارة الفنية التخصصية.