الإدارات التابعة لمكتب رئيس مؤسسة الموانئ والجمارك والمنطقة الحرة:
- إدارة التدقيق وتنمية الإيرادات
الإدارات التابعة لمكتب سعادة مدير عام جمارك دبي:
- إدارة الاستراتيجية والتميز المؤسسي
- إدارة الاتصال المؤسسي
- إدارة الاستخبارات الجمركية
قطاع التفتيش الجمركي
- إدارة عمليات المسافرين
- إدارة مراكز الشحن الجوي
- إدارة المراكز الجمركية البرية
- إدارة المراكز الجمركية البحرية
- إدارة الدعم الفني
قطاع إدارة المتعاملين
- إدارة البيانات الجمركية
- إدارة التأمينات والمقاصة
- إدارة إسعاد العملاء
قطاع الشؤون المالية والإدارية
- الإدارة المالية
- إدارة الشؤون الإدارية
قطاع الموارد البشرية
- إدارة الموارد البشرية
- مركز التدريب الجمركي
قطاع السياسات والتشريعات
- إدارة القضايا الجمركية والتحقيق
- إدارة الشؤون القانونية
- إدارة التدقيق الجمركي
- إدارة حقوق الملكية الفكرية
- إدارة التعرفة والمنشأ
- إدارة القيمة الجمركية
قطاع التطوير الجمركي
- إدارة تقنية المعلومات
- إدارة ابتكار الخدمات
- برنامج التحديث والتطوير
